生物安全柜在安防過程中有很多問題要注意，安裝位置不當，會造成污染。生物安全柜兩側、后側應留30 cm，頂部留出足夠30～34 cm的空間；為減少氣流擾動，保證安全柜正常工作，生物安全柜應放置在遠離實驗室入口、門窗、暖氣、走道，避開送風口，避免外界氣流對柜內氣流造成擾動。生物安區柜放置的房間必須有足夠的送風量，Ⅱ級A2排氣量約在700～1200 m3/h，B2則在1000～1600 m3/h,有的型號更高，如果沒有足夠的補充送風，生物安全柜所在房間成為高負壓狀態， 生物安全柜無法正常工作。

    很多實驗室購置Ⅱ級A2生物安全柜后，認為排風管道接到室外比排到室內安全。其實，生物安全柜排風出口帶有過濾器，所排出的氣體被證明是安全的，對室內環境沒有影響；另外，將室內舒適工作環境的潔凈空氣排到室外會大大增加運行成本，因此，除了操作危險度較高的實驗對象或能產生化學氣味的化學試劑，安全柜排風排到室內是安全可行的。